Что касается вопроса перекуров, в любой методичке по нормированию труда, помимо обеденного перерыва заложена и норма времени, которую сотрудник может использовать на отдых и естественные надобности, примерно 5-10 минут каждые 2-3 часа. При этом как он распорядится этим временем: сходит в туалет, пойдёт перекурить или будет медитировать в позе вишни, это его личное дело. А что касается морального давления на курильщиков- в двух организациях помню случаи, где таким ревностным борцам за чужой образ жизни просто напросто набили рожу.
А по опозданиям. Если это не мешает работе, то 10-15 минут не смертельно. И вообще, как говорил Райкин: "К людям нужно относится мягче, на проблемы смотреть ширше."